Игра является продолжением Heretic и частью серии Hexen. В отличие от предыдущих игр серии, которые были шутерами от первого лица, Heretic 2 представляет собой трехмерный шутер с видом от третьего лица.
В Heretic 2 игрок управляет Корвусом — героем из первой части, который возвращается в свой родной мир после долгих скитаний по разным измерениям. Он обнаруживает, что мир поражён чумой, которая превращает людей и животных в безумных мутантов. Корвус также заражается чумой, но ему удается сохранить рассудок благодаря своему магическому посоху. Он решает найти источник заразы и остановить его, чтобы спасти мир.
В процессе игры Корвус путешествует по разнообразным локациям и сражается с множеством врагов, используя свой посох, меч и различные заклинания.
