Главным гером игры является еж по имени Шэдоу – высшая форма жизни, созданная 50 лет назад на космической колонии «АРК» профессором Джеральдом Роботником по поручению правительства. Шэдоу может использовать силу Изумрудов Хаоса. В Sonic Adventure 2 он погибает, но в Sonic Heroes возвращается с амнезией. В Shadow The Hedgehog герой собирается в приключение, чтобы узнать о своём прошлом.

В сюжетной линии «Hero» Шэдоу будет помогать военная организация Guardian Units of Nations (G.U.N.) и персонажи из предыдущих игр серии: Соник, Тейлз, Наклз, Руж, Эми Роуз, робот E-123 Омега, Эспио, Вектор и Чарми. Они объединились, чтобы защитить мирные земли от доктора Эггмана и инопланетян. В сюжетной линии «Dark» Шэдоу помогает Блэк Думу и доктору Эггману, каждый из которых хочет завладеть всеми Изумрудами Хаоса для своих целей.