Сюжетная линия игры начинается спустя три года после окончания гражданской войны (эти события отражены в «Звездные волки 2: Гражданская война»). Цель прошедших боевых действий – мир и спокойствие во Внешних Мирах, устранение деспотии и неоправданной жестокости. Однако достигнуть реализации поставленных задач не удалось, на смену императора Эзара и Старой Империи пришли пираты, работорговцы, бандиты и другие криминальные элементы, которые в беззащитных системах устанавливали свои порядки и правила. Новая Империя не в состоянии держать защиту подконтрольных миров из-за огромных потерь военного контингента и экономического кризиса. Отступив в Сектор Феникса, оставшиеся войска Новой Империи буквально бросили мирных жителей Внешних Миров на произвол судьбы. В такой атмосфере анархии стали возникать новые фракции и партии, где лидерами были бывшие имперские военные, желающие снова вернуть все на круги своя...
