В Assassin's Creed: Pirates игроки управляют рабом по имени Алонзо Батилья, который был спасён французским пиратом Оливье Левассером (Ла Бюзом). Алонзо получил небольшой корабль и теперь путешествует по Карибскому морю в поисках сокровищ.
Pirates заимствует морские элементы из игры Black Flag, но не имеет никакого отношения к истории тамплиеров и ассасинов. В игре иногда встречаются представители обеих фракций, но это не основной элемент игры.
