Прошел один год после событий, имевших место в Arkham Asylum. Глава психбольницы Аркхэм Квинси Шарп за это время успел покинуть свой пост и занял место мэра Готэма. В его руках теперь куда как больше власти, а посему он решил, что Архкэм не подходит для содержания такого огромного количества преступников, и распорядился создать отдельный район для всего этого криминального отребья. Район, разумеется, не простой, а обнесенный огромными стенами, на которых денно и нощно дежурит вооруженная до зубов охрана и специально нанятый отряд наемников Tyger, готовый убить любого, кто попытается сбежать.

Собственно, внутри этих стен никаких порядков нет и в помине – заключенные могут делать все, что душе угодно. Захотят убить друг друга? Да ради бога! Внутри этого огороженного периметра все равно нет ни одного добропорядочного гражданина – только маньяки да убийцы. Единственное, что запрещается и карается смертью – это попытка побега. Так как титульный Arkham City находится в предместьях Готэма, то никто не должен убежать.

Заведует этим лакомым райончиком профессор Хьюго Стрейндж, у которого есть какие-то свои тайные мотивы и планы. Сюжетная же дорожка сиквела берет начало в тот момент, когда в Arkham City попадает Харви «Двуликий» Дент. Дабы поднять свой авторитет среди сожителей, он ловит Женщину-кошку и планирует ее помпезно казнить на глазах у всех. Бэтмен узнает об этом и тотчас же отправляется на спасение бедной «кошки», с которой у него был давнишний роман.

Один Бэтмен против целого криминального города – хорошая завязка. Весь Arkham City разбит на несколько районов. В каждом из них заправляет делами один из знаменитых комиксных злодеев – тот же Джокер отхапал себе место под солнцем и активно ведет войну с другими бандами. По всем районам шмыгают туда-сюда патрули, так что бродить по улицам надо очень осторожно и активно использовать гаджеты. Весь набор спецустройств, которыми был вооружен Бэтмен в Arkham Asylum, доступен со стартовой ленточки. Некоторые из устройств слегка модифицированы, но суть остается той же. В свою очередь, добавились и новые достижения НТР – дымовые бомбы, с помощью которых можно легко скрыться от погони, и приборчик для отлавливания радиосигналов и поиска мест, откуда непосредственно ведется радиопередача. Помогает нам в этом и дворецкий Альфред, который пристально следит за каждым нашим шагом из штабквартиры Брюса Уэйна.