Парадайз-Сити — жестокий город, где правит гангстерская организация, более могущественная, чем всё, с чем до этого сталкивалось АНБ. Недавно в городе произошло таинственное исчезновение полицейских и все агенты отказываются браться за это дело, за исключением специального агента Вальтера Дж. Ковача. Чтобы выяснить, кто стоит за всем этим, он принуждает трёх преступников поработать на него. Поскольку у каждого из них своя задача в решении поставленной задачи и они действуют в разных частях города, игрок одновременно управляет только одним из них.

Николас «Ник» Портер — бывший вор, которому пришлось выбирать между жизнью в тюрьме и работой на АНБ. Он специализируется на дальнем бою и использует пистолеты и пулемёты. Анхель Варгас больше любит ближний бой и использует кулаки, ножи и биты. На эту работу её взяли после того, как она убила своего сокамерника, пытавшегося с ней расправиться. Последний из них — Борис Чехов. Он коррумпированный полицейский, который привык командовать людьми и доверяет только пистолетам.