Действие Mages of Mystralia разворачивается на просторах 12 локаций. Вы играете за Зию, юную девушку, которая обнаруживает у себя врождённое чувство магии. К огромному сожалению, магия была запрещена, поэтому Зия пробует тренироваться самостоятельно, чтобы обрести контроль над своими силами. На своём пути она встречает других отверженных магов, находит магические руны и понимает, что их можно соединять в миллионы различных комбинаций, создавая совершенно новые заклинания.
