Приключенческий экшен от третьего лица, основанный на популярном комиксе и мультсериале о черепашках-ниндзя. В игре вы можете выбрать одного из четырёх героев — Леонардо, Рафаэля, Микеланджело или Донателло — и сражаться с противниками в различных локациях Нью-Йорка. Каждая черепашка имеет свой уникальный стиль боя, оружие и способности. Вы также можете переключаться между ними в любой момент или играть в кооперативном режиме с друзьями.

Сюжет игры повествует о том, как черепашки-ниндзя пытаются остановить злодейский план Шредера и его клана Фут, который хочет захватить контроль над городом с помощью мутагена — вещества, способного превращать людей и животных в монстров. В ходе приключения черепашки сталкиваются с разными персонажами из комиксов и мультсериала, такими как Эйприл О'Нил, Кейси Джонс, Сплинтер, Крэнг, Бибоп и Рокстеди. Игра также содержит много отсылок к культуре 80-х и 90-х годов, в которых росли поколения фанатов черепашек-ниндзя.