В этой игре вы управляете Линком, молодым пастухом из поселения Ордоны, который оказывается втянут в конфликт между светлым миром Хайрула и тёмным Сумеречным Царством. Линк может превращаться в волка с помощью Мидны, загадочного существа из Сумеречного Царства, которое становится его союзником и наставником. Вместе они должны спасти принцессу Зельду и победить злого короля Занта, который хочет захватить оба мира.