Marfusha представляет собой экшен с видом сбоку в аниме-стилистике. В отличие от многих других игр, здесь нет длинных вступлений — действие начинается практически сразу, позволяя игроку с головой окунуться в процесс.

Сюжет разворачивается вокруг молодой девушки, живущей в мирном городке на отшибе цивилизации. Однажды к ней приходит инспектор и сообщает, что на город надвигается полчище кровожадных роботов. Теперь судьба всех жителей находится в руках главной героини — ей предстоит отразить нападение врагов и защитить родные стены.

Игровой процесс представляет собой отстрел наступающих на город роботизированных захватчиков. Противники атакуют волнами, начиная от примитивных коробок на ножках и заканчивая летающими дроидами с серьёзным вооружением. Численное и техническое превосходство врага компенсируется возможностями модернизации главной героини. За отбитые атаки игрок получает игровую валюту, на которую можно купить улучшения оружия, брони и навыков.