В основе сюжета лежит одноименный постапокалиптический роман российского писателя-фантаста Дмитрия Глуховского. Итак, 2013-й год. Мировая ядерная война уничтожила все. Земля, воздух и вода отравлены радиацией и непригодны для нормальной жизнедеятельности. Но все же судьба дала горстке людей шанс, и они выжили в московском метрополитене. Оказавшись в нечеловеческих условиях, люди продолжали жить и бороться с невиданными доселе формами жизни.

2033-й год. Целое поколение рождено под землей, станции метро превратились в города, были созданы коммуникации, люди занялись животноводством и торговлей – жизнь продолжала свое неуемное движение вперед. Однако стремление чуждых и кровожадных мутантов с поверхности грозило полным вымиранием людей, которые к тому же все чаще и чаще стали конфликтовать между собой. Все это отнимало у них остатки шансов на жизнь. Однако осталась последняя надежда – прорваться в центр метрополитена и попасть в Полис. Именно эта миссия волей судьбы возложена на нашего главного героя – Артема. Только от действий игрока будет зависеть дальнейшая судьба человечества как такового.