Под вашим управлением находится Самус Аран, знаменитая охотница за головами, которая путешествует по галактике. Вы получаете сигнал бедствия с планеты Таллон IV, где космические пираты проводили опасные эксперименты с фазоном — мутагенным веществом, которое может изменять живые организмы. Вы решаете отправиться на планету, чтобы разобраться в происходящем и остановить пиратов. Но на вашем пути встанет ваш давний недруг — Мета Ридли — и другие ужасы, которые ждут вас на Таллоне IV. Ваша миссия — одолеть своего врага, раскрыть тайны планеты и предотвратить катастрофу, которую может вызвать фазон.

Игра представляет собой приключенческий шутер от первого лица. Вы исследуете разные локации на планете, которые связаны между собой. Вы также выполняете разные задания, решаете загадки, прыгаете по платформам и сражаетесь с врагами, такими как пираты, метроиды, паразиты или боссы. Во время прохождения вы будете находить разные улучшения, которые помогут вам в бою и откроют доступ к новым местам.