Прошло 50 лет со времен Red Faction: Guerrilla. За это время на Марсе произошло много чего, но самое главное и ужасное – поверхность Красной планеты стала непригодна для жизни. По пустынным землям гуляют гигантские торнадо, а с небес неприглядные пустоши бьют молнии и грозы. Жить в таком хаосе невозможно, поэтому колонисты перебрались под землю, облагородили и сделали пригодными для жизни пещеры. Чего уж там, они создали маленькую цивилизацию под землей. Со своими городишками, торговлей между ними и обязательными шахтами для добычи полезных ископаемых.

Главный герой Red Faction: Armageddon приходится внуком Алека Мейсона, легенды революционного подполья времен Red Faction: Guerrilla. Зовут пострела Дариус Мейсон. Он наемный рабочий и не брезгует браться даже за самые опасные задания. Главное, чтобы работодатели заплатили. В ходе выполнения одной из таких шабашек он «нечаянно» откапывает одну древнюю шахту, в которой было запечатано «зло». В данном случае зло – это какая-то кровожадная инопланетная раса, успешно пародирующая некроморфов. И теперь только Дариус и «Красная Бригада» могут спасти человечество от неминуемой гибель и уничтожить вырвавшуюся на свободу заразу.