Данная игра является спин-оффом серии Ratchet & Clank и фокусируется на приключениях самого Кланка, который становится секретным агентом.
В Secret Agent Clank, главный герой отправляется на миссию по спасению своего друга и напарника Рэтчета, который был ошибочно обвинён в преступлении. Головокружительные приключения Кланка развернутся в ряде разнообразных локаций, где он использует свои умения и секретные гаджеты, чтобы раскрыть правду и спасти своего друга.
