Spy Hunter рассказывает нам историю загадочного человека по кличке The Agent. Безымянный «агент» управляет высокотехнологичным средством передвижения под названием G-6155 Interceptor, который оснащён множеством секретных оружий и устройств, необходимых для выполнения различных миссий и борьбы с противниками. Цель игры — успешно завершить серию миссий, включающих уничтожение вражеских агентов, сбор разведданных и погоню за боссами.