События Tom Clancy's Ghost Recon 2 разворачиваются в недалёком будущем и переносят игрока в Северную Корею, которая переживает тяжёлые времена, вызванные голодом. В попытке преодолеть последствия этих событий правительство перенаправляет большую часть военного бюджета на гражданские нужды. Перераспределение средств возмущает командование Корейской народной армии, в результате чего генерал Юнг Чонг-сол планирует совершить переворот в стране и приводит вооружённые силы в состояние повышенной боевой готовности. В связи с тем, что ракета Silkworm, потопившая разведывательный корабль ВМС США USS Clarence E. Walsh (CG-80), была выпущена с северокорейской ракетной батареи, США решают развернуть команду «Призраки» и атаковать северокорейские береговые линии.

Под ваше управление попадает высококвалифицированный оперативник, который входит в состав подразделения «Призраки». В ходе выполнения миссий вам предстоит совершить налёт на северокорейскую авиабазу, найти сбитый транспортный вертолёт OH-58 Kiowa и предотвратить план Юнга по взрыву плотины, расположенной выше по течению от демилитаризованной зоны.