Когда-то Сэм Фишер был агентом Третьего эшелона, которому поручали проникать в места сосредоточения врагов национальной безопасности, добывать необходимую информацию и при надобности устранять противников.

Времена меняются, и враги Америки используют совершенно новые методы, позволяющие им действовать гораздо более эффективно. Чтобы быть на шаг впереди своей цели, Третий эшелон тоже постоянно меняется, и пока враги Сэма Фишера совершенствуются, а его союзники находятся в постоянном движении, жизнь самого Фишера претерпевает некоторые драматические и необратимые изменения.

Поскольку его жизнь перевернулась с ног на голову, Фишеру предстоит выполнить новое задание, не похожее на те, с которыми ему приходилось сталкиваться ранее. Теперь он работает с теми, кого поклялся уничтожить, и обнаруживает врагов среди своих союзников.

В процессе игры вам предстоит побывать в самых разных уголках мира. В вашем распоряжении будет самое современное оружие и гаджеты, которые пригодятся вам во время выполнения заданий. Воспользуйтесь свои оборудованием, чтобы погасить свет или поразить электричеством врагов в водоёме, а также прибегайте к помощи своего прибора ночного видения, чтобы идентифицировать все важные объекты в окрестности.

В игре существует несколько концовок, которые зависят от вашего выбора во время прохождения.